После окончания института работал в школе учителем истории.
Опыт работы в области трудовых и социальных отношений у А.К.Исаева появился еще в студенчестве. Он принимал участие в создании Московского народного фронта, был одним из организаторов самиздатовского журнала Московской организации Конфедерации анархо-синдикалистов «Община», где публиковал статьи с критикой как марксизма, так и «западнической» идеологии диссидентов старшего поколения – Валерии Новодворской, Сергея Григорьянца и других.
С 1989 года активно участвует в профсоюзном движении. В 1990 году основал информационно-исследовательский центр рабочего и профсоюзного движения «КАС-КОР». С 1991 по 1999 год (до избрания депутатом Государственной Думы Российской Федерации) А.К. Исаев возглавлял газету Федерации независимых профсоюзов России «Солидарность». С 1995—2001 год А.К. Исаев – секретарь Федерации независимых профсоюзов России (ФНПР), он курировал информационную политику и общественные связи Федерации. С 1998 года — председатель Федерального совета общероссийского движения «Союз труда».
В феврале 2001 года был избран заместителем председателя ФНПР, исполняя эту должность на общественных началах. В марте 2011 года стал первым заместителем председателя Федерации независимых профсоюзов России.
А.К.Исаев — депутат Государственной думы III, IV, V и VI созывов. Избирается в высший орган законодательной власти страны с декабря 1999 года.
С 2003 года он возглавил Комитет по труду и социальной политике Государственной Думы Российской Федерации и Комиссию Президиума Генерального совета по агитационно-пропагандистской работе, стал членом Генерального совета партии «Единая Россия». А.К. Исаев является одним из основателей и учредителей Центра социально-консервативной политики (ЦСКП), созданного в 2005 году.
В настоящее время Андрей Константинович Исаев является первым заместителем секретаря президиума генерального совета партии «Единая Россия», членом бюро высшего совета «Единой России», членом наблюдательного Совета Государственной корпорации — Фонда содействия реформированию ЖКХ.
А.К. Исаев - автор большого числа статей по проблемам общественного развития, профсоюзного и рабочего движения, а также книг «Экономическая демократия – современная идеология традиционных профсоюзов России», «Экономическая демократия в современной России». Один из авторов коллективного исследования «История профсоюзов в России. Этапы, события, люди».
Андрей Константинович - кандидат политических наук, доцент. Тема его диссертации «Экономическая демократия и проблемы ее становления в современной России: Политологический анализ».
Имеет ряд наград: Орден Почёта (2003), Орден Дружбы (2007), орден «За заслуги перед Отечеством IV степени» (2013), медаль «В память 850-летия Москвы», почетный знак Федерации независимых профсоюзов России «За активную работу в профсоюзах».
С СПбГУП А.К.Исаева связывает давнее сотрудничество. Его лекции о социально-трудовых отношениях, о состоянии современной юриспруденции в сфере труда дают студентам и преподавателям СПбГУП уникальную возможность узнавать об изменениях в Трудовом кодексе Российской Федерации от одного из авторов этих законотворческих инициатив – авторитетного эксперта в области социально-трудовых отношений. А.К. Исаев принимает участие в конференциях, семинарах и круглых столах СПбГУП по актуальной социально-трудовой проблематике. Он – участник Университетских Дней знаний. Лекции А.К.Исаева неоднократно издавались Издательством СПбГУП в серии «Избранные лекции Университета», в сборниках «День Знаний» и др.